关于公司扣除您9月工资的合法性，可依据《中华人民共和国劳动法》及相关规定分析：《中华人民共和国劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”您9月已提供劳动，公司扣除全部工资属于“克扣工资”，违反该条款。同时，《工资支付暂行规定》第十六条明确：“因劳动者本人原因给用人单位造成经济损失的，用人单位可按照劳动合同的约定要求其赔偿经济损失。经济损失的赔偿，可从劳动者本人的工资中扣除。但每月扣除的部分不得超过劳动者当月工资的20%。若扣除后的剩余工资部分低于当地月最低工资标准，则按最低工资标准支付。”即便您自离造成损失，公司也无权扣除全部工资，仅能按规定比例扣除。综上，公司扣除您9月全部工资的行为不符合法律规定。
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您自离后公司扣工资的处理，可能受以下特殊情况影响：1.公司存在未依法缴纳社保等违法行为迫使您自离：若您能证明自离是因公司未缴社保、拖欠工资等违法情形，不仅可要求支付9月工资，还能主张经济补偿金（工作每满1年支付1个月工资）。2.您自离前未完成工作交接且给公司造成重大损失：若公司能证明损失与您未交接直接相关（如核心文件丢失导致项目终止），可按规定扣除部分工资，但仍需保留不低于最低工资的部分。3.公司规章制度明确自离扣薪且已依法公示：若制度经民主程序制定并公示，且扣除比例符合法律规定（不超过当月工资20%），公司可按制度扣除部分工资，但无权扣除全部。
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您自离后公司扣工资的情况，可能存在以下法律风险：1.公司违法克扣工资的赔偿风险：若您申请劳动仲裁，公司除需支付9月工资外，还可能因“克扣工资”被裁决支付赔偿金（通常为拖欠工资的25%）。例如，您9月工资为5000元，公司扣除全部工资，仲裁可能裁决公司支付5000元工资+1250元赔偿金。2.诉讼时效风险：劳动争议仲裁时效为1年，若您超过1年未主张权利，将丧失胜诉权。例如，您2023年10月自离，2024年11月才申请仲裁，公司可能以时效已过抗辩，导致您无法追回工资。
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您在处理自离扣工资问题时，需避免以下常见错误操作：1.放弃维权：认为自离理亏而默认公司扣薪，错失合法讨薪机会，9月工资是您的劳动所得，即便自离也有权主张。2.缺乏证据意识：未保留9月考勤、工资条等关键证据，导致维权时无法证明劳动事实，增加仲裁或诉讼难度。3.采取过激行为：如围堵公司、散布负面言论等，可能违反治安管理规定，反而使自身陷入被动。错误操作可能导致您的合法权益无法得到保障，甚至引发新的法律问题。建议您通过合法途径维权，若对流程不熟悉，可进一步咨询律师获取专业帮助。

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